《北平无恙》的故事背景设定在20世纪30年代的北平城。西医进入中国后，以其科学的医疗手段很快得到民众的追捧，而中医治病只能依靠老祖宗传下来的经方、验方，治愈效果远不如西医。一九二九年，随着国民政府在报纸上刊出还没宣布通过的《废止中医案》，中西医之间的明争暗斗，彻底演变成一场旷日持久的大战。

北平的中医世家——齐家，深深受到了这场“战争”的影响。作为一位德高望重的老中医，齐通霖熟读医书，深通医道，对中医有着无尽的热爱。然而天不遂人愿，他的两个儿子都没能接续他的中医事业，老大开了一家药铺，老二却在远赴欧洲学习西医后，在北平的协和医院当起了一名外科大夫。中医与西医的比较和对立，同时存在于这个家庭和这座城市。北平依旧，黄土坑胡同和魏家胡同却再不复昔日的宁静。